Gübreler ve hayvansal atıklar yeterli miktarda ve uygun şekilde kullanıldığı zaman, tarımda önemli bir rol oynar. Ancak, aşırı ticari gübre kullanımı ve haddinden fazla hayvan gübresi, bitki besin elementlerini çevre için ciddi kirlilikler oluşturacak miktara yükseltir. Su ekosistemi de bundan zarar görür ve kirleticiler, eğer içme suyunda belirli seviyenin üzerinde bulunursa ciddi insan sağlığı problemlerine neden olur. Hayvancılık yapılan barınaklarda ortaya çıkan gübre, uygun şartlar altında işlenmeden, kontrolsüz şekilde çevreye terk edilirse, fayda sağlanabilecek bir materyal olmasına rağmen zararlı hale gelir. Gelişigüzel bırakılan gübre ve diğer atıklar zaman içinde kokuşmaya ve bozulmaya başlayıp çevreye kötü kokular, zararlı gazlar ve tozlar yayar. Açıkta depolanan gübrede koku, normal şartlarda 400 m mesafeden hissedilebilmektedir. Tavuk gübresinde bu mesafe, daha da azalmaktadır. Tarlaya serilmiş gübrenin kokusu ise, yaklaşık 2 km uzaklıktan hissedilebilmektedir. Bozulma sonucunda görüntü kirliliği ve kötü kokuların yanı sıra, kimyasal kirlilik de ortaya çıkar. Bu nedenle gübreler dış çevreye gelişigüzel atılmamalı ve kontrolsüzce kullanılmamalıdır. Gübrenin tarım arazilerinde kullanılması ya da başka işlemler için bekletilmesi de; kirliliği önleyecek şekilde ve bilinçli yapılmalıdır. Gereken en iyi projelendirme ve uygulamayla olumsuzluklar minimuma indirilmelidir. Akdeniz Bölgesi’nde bu sorunun boyutlarını belirlemek amacıyla, Adana, Mersin ve Burdur iline bağlı ilçe ve köylerde bulunan 197 adet büyükbaş hayvancılık işletmesi incelenmiştir. Bu hayvancılık tesislerinin bir bölümü süt sığırcılığı, diğer bölümü besi sığırcılığı işletmeleridir. Incelemeler Adana’nın Seyhan, Yüreğir ve Karataş; Mersin’in Merkez, Tarsus, Erdemli ve Anamur; Burdur’un Merkez, Bucak ve Yeşilova ilçeleriyle bunlara bağlı 57 köyde yapılmıştır. Bu işletmelerdeki incelemelerde, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarımsal Yapılar ve Sulama Bölümü’nde hazırlanan anket formları kullanılmıştır.